1826 году «градо-Ишимские прихожане» обратились в местное духовное правление с просьбой о дозволении выстроить на кладбище «вновь деревянную на каменном фундаменте во имя Живоначальной Троицы церковь, по приложенным плану и фасаду». Тобольская духовная консистория согласилась с этим предложением, а 21 января 1827 года оно было утверждено на заседании Святейшего Синода.

В 1834 году ишимский купец Василий Еманаков обращается в консисторию как староста уже существующей церкви с просьбой об определении к кладбищенской церкви особого причта. Ему отказывают. И лишь в 1838 году настойчивый проситель добился компромиссного решения: к Богоявленской церкви определили четвертого священника, с тем чтобы клирики собора «исправляли священнослужение поочередно и в кладбищенской церкви». Будучи деревянной, она сгорела в январе 1840 года. К 1842 году на средства того же купца отстроена новая каменная Троицкая церковь. Освящена 4 февраля 1843 года.

Известный купеческий род Еманаковых стал попечителем и нового храма. Так, храмоздателями называются купеческие сестры девицы Параскева и Наталья Федоровны. Кроме того, на их же средства отстроены и два каменных дома для причта (служителей храма). В 1872 году купцом 1 гильдии Олимпием Александровичем Еманаковым возведен с южной стороны придел в память Сорока мучеников Севастийских; северный придел устроен в 1882 году на средства купеческой жены Марии Ивановны Еманаковой, «с помощью прихожан».

Троицкая церковь занимала в градостроительном отношении очень удачное местоположение. Построенная на возвышении, окруженная ожерельем из четырех часовен и кованой оградой с мраморными столбиками на кирпичном основании, она подчиняла себе обширнейшую Базарную площадь, раскинувшуюся к тому времени в новом торговом центре города, который развивался к северу от Киселевского мыса. При этом здание было относительно невысоким, одноэтажным, выстроенным в строгом стиле классицизма. Обширный в основании, полностью перекрывавший основное помещение храма, низкий четырехгранный купол был окружен с востока, севера и юга небольшими куполами, также увенчанными миниатюрными маковками с крестами. Даже двухъярусная колокольня с высоким шпилем была массивной и приземистой.

Просторный основательный храм с полутемными (в куполе не было окон) помещениями вполне соответствовал духу сибирского купечества. К востоку от церкви располагалось едва уступавшее по размерам Базарной площади городское кладбище в березовой роще. Когда-то окраинное, а теперь оказавшееся в центре города, оно было закрыто в 1892 году.

В сентябре 1929 года разворачивается широко освещаемая в местной прессе массовая кампания по закрытию Троицкой церкви и превращению «очага культа в очаг культуры». Ее предлагалось отдать «под клуб», а колокола – сдать в «фонд индустриализации». Вскоре храм уже стоял обезглавленным. Разобрали также ограду; отдельные ее детали пошли на сооружение огромного здания кинотеатра, закрывшего своей громадой вид на разоренный храм от площади. Кладбище также было уничтожено, на его территории разместилась воинская часть.

Ныне остатки Свято-Троицкой церкви закрыты от людских взоров зданиями киноконцертного зала и нефтепроводного управления. Примерно в 40-х годах окончательно разобраны колокольня и четырехколонный портик, а в 1980-х уничтожен главный купол. Ныне в поруганном храме размещаются спортзал и клуб воинской части.

Адрес: