1817 году в казну за долги поступил дом купца Куклина. В здании разместилась резиденция генерал-губернатора.

После того, как в 1839 году весь чиновничий аппарат был переведен в Омск, в здании до 1917 года проживал тобольский гражданский губернатор. После февраля 1917 года дом получил название «Дом свободы».

С августа 1917 по апрель 1918 года в губернаторском доме проживала царская семья. 6 августа 1917 года в Тобольск на пароходе «Русь» прибыла семья Романовых. Их слуги, приближенные (всего 45 человек) и охрана – на пароходе «Кормилец». С собой в Тобольск Романовы привезли 2 800 пудов груза (почти 40 тонн вещей). Для проживания царской семьи был отведен Дом губернатора. Однако когда пароход остановился около пристани, Николай II отправил слуг, которые доложили, что здание для проживания царской семьи не готово – помещения грязные, пустые и без мебели. Целую неделю Романовы и слуги прожили в своих каютах. Это было прекрасное время: они могли совершать прогулки по Иртышу, встречаться с местными жителями. Романовы посетили Сузгунскую сопку (известную как Лысая гора). По одной из легенд, царская семья посетила также Абалакский монастырь.

13 августа началось проживание в губернаторском доме. Романовы занимали 8 комнат из восемнадцати. На первом этаже проживали слуги, находилась столовая. Охрана царской семьи проживала в доме Корниловых. Непосредственной охраной царской семьи занимался отряд особого назначения под началом полковника Кобылинского, составленный из отборных солдат трех гвардейских стрелковых полков.

Время проживания в Тобольске для Романовых было относительно спокойным: дети занимались уроками, читали, бывший император работал в своем кабинете. В «Доме свободы» появились домашние птицы, был вырыт прудик для уток. В теплые дни Романовы любили принимать солнечные ванны на крыше оранжереи. 21 (8) сентября 1917 года в праздник Рождества Богородицы Романовым разрешили посещать Благовещенскую церковь. Посещение храма продолжалось до 7 января 1918 года, но затем было запрещено, а для совершения Богослужений в Большой зале губернаторского дома установили иконостас. Службу проводил священник Благовещенской церкви о. Алексий Васильев и две монахини Иоанно-Введенского монастыря. В губернаторском доме часто бывала и игуменья монастыря Мария. Она приносила продукты, письма, передавала на волю письма будущих царственных страстотерпцев. В доме часто устраивались семейные любительские спектакли. На целых девять месяцев Тобольск стал вынужденным пристанищем для царской семьи.

26 марта 1918 года в Тобольске установилась советская власть. Из Тюмени прибыл отряд комиссара Демьянова и его помощника Нагибина с 80 красноармейцами. Следом за ними из Омска прибыли два роты латышей во главе с революционным матросом Павлом Хохряковым. Последним прибыл отряд Поплавского из Екатеринбурга. Таким образом, Тобольск стал ареной столкновения враждебных друг для друга отрядов Красной армии, каждый из которых претендовал на право охраны губернаторского дома.

6 апреля в Тобольск прибыл комиссар Яковлев, который имел мандат, подписанный Лениным и Свердловым, чтобы вывести царскую семью из Тобольска. Однако, прибыв в Тобольск, Яковлев узнал, что цесаревич Алексей тяжело болен. Отправлять нужно было в распутицу на подводах, и дороги до Тюмени мальчик мог просто не перенести. Поэтому Яковлев принял решение вывести из Тобольска царя Николая, его супругу Александру Федоровну и дочь Марию. Остальные Романовы остались в Тобольске. 20 мая детей Николая II и слуг посадили на тот же пароход «Русь» и отправили сначала в Тюмень, а затем в Екатеринбург. Следующим шагом большевиков было решение о расстреле всех Романовых. В ночь на 17 июля 1918 года в доме инженера Ипатьева в Екатеринбурге царская семья приняла мученическую смерть.

20 августа 2000 года Русская Православная Церковь в сонме новомучеников и исповедников Российских прославила в лике страстотерпцев Императора Николая II, Императрицу Александру, Царевича Алексия, Великих Княжен Ольгу, Татьяну, Марию и Анастасию.