1919 году к власти в Тобольской губернии пришли большевики, начались гонения на церковь.

Все это постигло и Абалакский монастырь. Долго отстаивал свою обитель архимандрит Аркадий, назначенный указом свт. Тихона Патриарха Всероссийского в 1921 году. В 1923 году происходило насильственное изъятие ценностей монастыря, чему воспротивился настоятель. Архимандрит Аркадий и с ним другие иноки были осуждены на различные сроки лишения свободы.

В августе 1924 года обитель была ликвидирована. В 1925 году прошел ряд показательных судебных процессов над абалакскими монахами, расстрелы, их обвиняли ложно в укрывании церковных ценностей и безнравственных поступках.

До революции монастырь вел обширную деятельность среди инородцев Западной Сибири. В нем действовал даже инородческая школа, где дети татар, ханты и манси могли научиться грамоте и получить какое-либо из необходимых в жизни ремесел. Сейчас миссионерская деятельность заключается в священнослужении иноков обители на приходах| не имеющих священников, а также в преподавании некоторыми иноками в Тобольской Духовной Семинарии.

В 80-х годах проводились ремонтные работы на территории монастыря, где и было обнаружено множество человеческих костей (останков), среди которых большое количество и детских, сваленных как попало и неглубоко зарытых.

На площади и в здании монастыря ранее располагались мастерские, кузница, склады местного колхоза (совхоза). Потом средняя школа и детский дом-интернат, а в последнее время интернат для престарелых.

В 1988 году сильно разрушенные храмы монастыря были частично переданы Омско-Тюменской епархии. С 1989 года монастырь полностью передан в ведение Тобольско-Тюменской епархии, за исключением архиерейского дома, который был передан в 1993 году.

Сейчас монастырь восстанавливается, реставрируются храмы, богослужения проходят в малом храме преп. Марии Египетской, под колокольней и в большом Знаменском Соборе.

Ныне монастырь управляется игуменом под руководством правящего Архиепископа, который является священноархимандритом святой обители.